java可以在各种系统上运行，其实.net也有这个潜力，只不过里面的一些和windows api相关的类就不能用了，网络方面的类应该是可以很好运行的。
.net有一套开发工具，可以提高开发速度。
如果是比较大型的应用的话，还是java比较适合。不过java对服务器的要求一般比较高。
.net有一套MS自成体系的东西（windows + sql server + office + .net +...)他们之间没有兼容性问题。java的话老是会遇到些兼容问题。
.net依赖的windows价格还可以。linux是免费的，但是如果大型应用用IBM的话，简直是天价。
.net比较新，借鉴了java，不能否认.net是比java先进。
j2ee的优势
1.j2ee应用程序服务器一般集成了很多组件程序，比如说web server, jms, app server. ejb component 封装得比.net组件要多些，它可以进行事务处理，persistence等功能。
2..net组件没法完成事务处理功能，要进行事务处理，你必须用COM+的transaction processing function. .net中没有异步消息功能(i.e. jms function),在COM+中你可以用消息队列来完成这样的功能。.net对数据库的处理功能，ado.net是面向无连接的应用，但事务处理等功能需要自己编写程序或用在数据库中处理。.net web server, .net framework等各server不是集成在一起，多少有些不方便。
以上是我认为.net相对来说比较不方便的地方。
.net的优势
1..net的元数据功能强大。
2.部署非常方便。
3.side by side execution,解决了版本问题，允许多版本共存，resolved dll hell.
4. This is a remarkable one, code behind technology.
5. Also a remarkable one, easier Web Service development and deployment.
6. back compatible,对以前产品的兼容，如果用java,你以前用com+实现的东西就会变成一堆废品。
7. vsa，方便我们开发script application.我们可以开发一个应用程序象office一样有一个script editor.这点很诱人。
8. .net speech technology,前景广阔，call center中大有前途，和Voice xml竞争产品，version1.0马上要release了。
一下是我不太清楚的东西：
ms以前有Smart Card sdk1.1,但在.net中好像还没有实现。而Java Card非常好用，j2me功能我觉得还不够强大，同时.net在这方面也还不是很强大。
.Net最大的优势是简单和window结合紧密
java的优势在于跨平台和大型企业应用
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